フェードイン、フェードアウトの設定はできますか?

Score Magazine Proに付属しているNote Editor Proの[機能]メニューの[グラフィックエディタ]で設定することができます。

例えばフェードアウトは、図のように各トラックの音量(「ベロシティ」といいます)を少しずつ下げて行ってください。

逆にフェードインは音量を少しずつ上げて行きます。

グラフィックエディタの使い方は、Note Editor Proのヘルプをご覧ください。