トラックを追加してそのトラックに音色を設定したら、トラック1の音色が追加したトラックの音色で演奏されるようになってしまいました。

[設定]メニューの[各トラックの設定]をご覧ください。[編集]メニューの[トラックの追加]で新たに追加したトラックは[MIDI Ch.]が「1」になっていると思います。

Note Editorを起動した状態でトラック1の[MIDI Ch.]は「1」なので、同じMIDIチャンネルが設定されていることになります。

この場合、例えば追加したトラックに「ジャズギター」を設定して演奏した場合、音源ボードのMIDIチャンネル1には、まずトラック1で設定されている音色No.が送信されますが、その直後に「ジャズギター」の音色No.が送信され、トラック1の音色も「ジャズギター」に切り替わってしまいます。

これを回避するには、追加したトラックの[MIDI Ch.]を、他のトラックと重複しないMIDIチャンネル(「8」など)に変更してください。